《祭十二郎文》全文共十二自然段。第1自然段交代了写祭文的时间,叔侄关系、远奠的方式。第2自然段诉说自己的家世的不幸,在不幸中叔侄二人“未尝一日相离”,情同手足。第3自然段回忆与十二郎离别后的三次见面和三次见面未果的经历,痛惜成年后二人离聚不定,竟成永诀,为此抱恨终身。
第4自然段哀叹自己未老先衰本该早死而未死,十二郎年少康强,不该早死而竟死,两相对照极度悲哀。第5自然段倾诉自己遭受巨大打击精神恍惚,对十二郎的死不愿相信又不得不相信的惨烈心情。第6段表达自己希望“从汝而死”,死后与侄儿相见的愿望,倾诉视死为幸的至悲至痛。
第7自然段联想到自己的和侄儿的孩子,说他们难以健康成长,悲痛至极连忌讳和不吉利都不顾及了。第8自然段推断侄儿猝然而死的病由,倾诉自己“未始以为忧”的痛悔之情。第9自然段推测侄儿的死期,倾诉自己不能确知侄儿死期的悲哀。
第10自然段吊慰遗孤,为侄儿安排身后事,告慰侄儿在天之灵。第11自然段为侄儿的死而归罪自己,恸哭长号,告诉侄儿自己已是万念惧灰,仅存替侄儿教子嫁女的心愿而已。第12自然段全文结束,“言有穷而情不可终,为侄儿的死而痛伤不已。”